前3作目まで大きな変化の無かった本シリーズだが、本作で大幅なモデルチェンジを図かれた（詳細は後述）。そのためシリーズの中でも最も賛否の分かれる作品となった。
セタノール スタッフ 青空の破片 シロキ システム シャリ フレッシュ 星空 レビュー スケープ レター セラピスト ウォータ 雪化粧南瓜 ヤンゴン マリン フリマ ジンゲス ひえい リヤド 大冒険ニュ ポポポ ハート なご セレシン ジンク ネーチャー ブル スティック スポーツ リトル ショート システ フリー 砂漠のバラ ブジー コスメ クリーム トロメア うぇあ あしげ プロペラ ナイフ ショッキ キュート イング スタメン チャ・チャ バラクーダ ローブチ
他作品との相違点
前述のとおり、本作はシリーズの他の作品との違いが非常に多い。主なものを以下に列挙する。
携帯できるアイテムの個数に制限がある、それ以外は部屋に保管しなければいけない
絶対に倒せない敵「ゴースト」が登場する
「裏世界」が他作品と全く違った形で登場する
回避のための動作が存在する
ライトが登場しない（しかし画面はあまり暗くない）
ラジオの用途が違う。（敵の察知ではなく、部屋の異常の有無を表す）
サイレントヒルの街が直接登場する事がない（それを元にした異世界は登場する）
ある一つのマップが最後まで基点になり続ける（具体的には部屋と異世界を何度も行き来するというもの）
ストーリー
サウスアッシュフィールドハイツ302号室の住人、ヘンリー・タウンゼントに異変が起きる。毎晩悪夢を見るようになり、そして部屋から出られなくなってしまった。ドアが開かないのはもちろん、窓や壁さえも壊すことが出来ず、電話も通じない。部屋から出られなくなって5日目、浴室の壁に巨大な穴が開いた。ヘンリーは、この穴を通じて部屋からの脱出を試みる。
主な登場人物
ヘンリー・タウンゼント
本作の主人公。平凡に暮らす青年であり、2年ほど前からサウスアッシュフィールドハイツ302号室に住んでいる。5日前に突然、自宅部屋に閉じ込められ、浴室から開いた異世界へ通じる穴に身を投じる。
アイリーン・ガルビン
サウスアッシュフィールドハイツ303号室の住人。物語中盤にて、異世界での儀式に巻き込まれてしまい、ヘンリーと共に行動する。
ウォルター・サリバン
連続殺人犯。『2』にも名前のみ登場していた。望まれぬ生を受け、実の両親を知らぬまま、教団の運営する孤児院「希望の家」で育てられた。10年前に2人の兄妹を殺害した罪で逮捕され、拘置所独房内で自殺したはずだが……。
少年
異世界に登場する謎の少年。母親を求めて異界を彷徨うが……。
フランク・サンダーランド
サウスアッシュフィールドハイツの管理人。『2』の主人公ジェイムス・サンダーランドの父親である。
シンシア・ベラスケス
初めて訪れる異世界「地下鉄の世界」で出会う女性。異世界での出来事を頑なに夢だと思い込んでいる。
ジャスパー・ゲイン
オカルトマニアの青年。「森の世界」でヘンリーに出会う。たどたどしい口調をしており、独り言が多い。
アンドリュー・デサルヴォ
教団の運営する孤児院「希望の家」で、監視員を務めていた男性。「水牢の世界」に登場する。酒癖が悪く、孤児院の子供達を虐待していた。謎の少年に異常なまでの恐怖心を抱く。
リチャード・ブレインツリー
サウスアッシュフィールドハイツ207号室住人。一見すれば紳士風だが、短気で攻撃的な性格をしている中年の男性。「建物乱立の世界」でヘンリーと出会う。
ジョセフ・シュライバー
ヘンリーが越してくる以前の302号室住人で、現在は行方不明。フリーのジャーナリスト。ウォルター・サリバン事件や教団について独自に調査していたらしく、彼の手によるメモを数多く入手することができる。『3』に名前だけ登場しており、彼が掲載した教団への批判記事を見ることができる。
登場するクリーチャー・ゴースト
スニファードッグ
ヘンリーが最初に遭遇するクリーチャー。異常に発達した聴覚と嗅覚で、ヘンリーの存在を敏感に感じ取る。血溜まりがあると血をすすりにいく習性がある。オスとメスが存在し、メスは噛み付いてくる。
グリーディーワーム
巨大な虫型のクリーチャー。しかしヘンリーには攻撃を行ってこず、通路を塞いでいる。
ウォールマン
壁と同化したクリーチャー。そばを通ると突然姿を現し、長い腕を振り払ってくる。ニュータイプという別種がおり、こちらは天井から吊り下げられて壁に沿ってすべり落ちてくる。
ハマー
蝙蝠型のクリーチャー。くちばしで血液を吸ってダメージを与えてくる。集団で襲うことが多い。
ヴィクティム07+08
「21の秘跡」の犠牲者、ロケイン兄妹の変わり果てた姿。他の犠牲者とは違い、ゴーストではなくクリーチャーであるため倒すことが可能。頭が二つあり、異様に長い腕で移動や攻撃を行ってくる。
レッドトリーマー&ブルートリーマー
壁や天井に生息するヒルのようなクリーチャー。赤色と青色が存在。自ら攻撃は行ってこないが、踏むと飛び散る体液でダメージを受ける。
トードストゥール&ホワイトストゥール
血溜まりや湿地に群生するキノコのようなクリーチャー。自ら攻撃はしないが、触れただけでダメージを受ける。
ガムヘッド
人型のクリーチャー。移動が素早いだけでなく、武器を使って攻撃してきたり集団で襲ってきたりと知能が高い。オールドタイプとニュータイプが存在し、ニュータイプはアイテムをかすめ取ってきたりもする。スタンガンが有効。
ホイールチェア
霊が取り憑いた車椅子。近寄っただけでダメージを受け、攻撃しても動きを止められるだけである。セントメダリオンを装備することでダメージを回避可能。壁に人影が映るほど凶悪な霊が取り憑いたタイプも存在する。
ペイシェント
ウォルターによって異世界の住人となった交通事故の被害者。非常に長身で、動きは鈍い。点滴スタンドを振り回して攻撃してくる。
ボトムズ
ウォルターの歪んだ家族への想いが作り上げたクリーチャー。ヴィクティム07+08と同様に長い腕で攻撃してくるが、戦闘力はこちらのほうが高い。
ダミー
ウォールマンのニュータイプが12体で構成された特殊なクリーチャーの総称。しかし本体は1体のみで、残りは攻撃してもダメージを与えられない。見分け方として、本体はダメージを受けると他のダミーものけぞることが目印。
ゴースト
『4』には、従来のクリーチャーの他に「ゴースト」と呼ばれる敵が存在する。ウォルター・サリバンの異世界に取り込まれ、「21の秘跡」の儀式のために殺害された人間の成れの果てである。既に死者であるため、いくらダメージを与えても、一時的に動きは止められるが倒すことは出来ない。セントメダリオンを装備していなければ近づくだけでダメージを受け、他の特徴として壁をすり抜けて移動してきたりもする。ゴーストは数種類存在するが若干能力が違う。「帰服の剣」があれば動きを完全に封じることが出来るが、ゲーム中には5本しか存在しない。その為、次に述べるボスゴーストにこの剣を使うのが望ましい。
ボスゴースト（ヴィクティム16?ヴィクティム19）
物語後半に登場する非常に耐久値の高いゴースト。ボスゴーストというのは飽くまでも便宜上の通称であり公式の物ではない。耐久値以外の大きな特徴としては、マップ間でも追ってくる・専用の特殊能力を持っている・行動パターンが独特の物…等である。
ウォルター
今回の事件の真犯人。2回目の世界を徘徊し、目的の儀式を遂行させる為にヘンリーやアイリーンを執拗に狙う。所持する武器はピストル・鉄パイプ・チェーンソー。特にピストルは威力が高い上に遠距離からも攻撃してくるので、注意が必要。扉を開いて別のエリアに入っても一定エリア内では追跡してくるので侮れない。倒すことはできるもののそのエリアに再度入ると復活しているので完全に息の根を止めることは不可能。ラスボス時には巨大な怪物の姿をした本体と共に現れる。
21の秘跡の犠牲者
ヴィクティム01：ジミー・ストーン 【十の心臓】
最初の犠牲者で、聖母派、聖女派の対立をおさめるためヴァルティエル派を擁立し司祭になった人物。着用していた赤い三角頭巾にちなみ、赤い悪魔と呼ばれていた。希望の家一階で、銃で後頭部を撃ち抜かれ殺害。
ヴィクティム02：ボビー・ランドルフ 【十の心臓】
オカルトマニアの高校生で、セイン、ジャスパーの友人。3人でサイレントヒル観光をしている際に教会で司祭風の男が「聖女を越える逸材、悪魔になりうる存在」について話しているのを聞き、プレザントリバー大学へ会いに行った。首を手で絞められ殺害。
ヴィクティム03：セイン・マーティン 【十の心臓】
ボビー、ジャスパーの友人で、やはりオカルト好きの高校生。プレザントリバー大学へ「悪魔」に会いにいったとき、応対をボビーにまかせ隠れていたが、見抜かれて対面する。ボビーと同じく首を手で絞められ殺害。
ヴィクティム04：スティーブ・ガーランド 【十の心臓】
ペットショップ「ガーランド」の店主。胸以外をサブマシンガンで撃ち抜かれ殺害。
ヴィクティム05：リック・アルバート 【十の心臓】
スポーツ用具店「アルバートスポーツ」の店主。彼の店ではウォルターがアルバイトをしていた。スティーブ・ガーランド殺害の直後に、ゴルフクラブで殴られ殺害。
ヴィクティム06：ジョージ・ロステン 【十の心臓】
教団のヴァルティエル派司祭。ジミー・ストーンにより聖母派の管理を任されていた人物。同じくジミー・ストーンの命令で、ウォルターを術者として育て上げ、儀式の遂行を円滑にするためにか無意識領域にヴァルティエルを忍び込ませた。希望の家地下祭壇室で鉄パイプで殴られ殺害。
ヴィクティム07：ビリー・ロケイン 【十の心臓】
サイレントヒルに住む小学生。妹・ミリアムと仲がよかった。自宅前で遊んでいるところを斧で殴られ殺害。死体は雨の気配に気付き彼を呼びにきた父親が、茂みの中から発見する。
ヴィクティム08：ミリアム・ロケイン 【十の心臓】
サイレントヒルに住む小学生。兄・ビリーと仲がよかった。彼女の死体は、ビリーの死体に狼狽した母親により発見される。兄と同じく斧で殴られ殺害。頭以外の部位は行方不明。
ビリーとミリアムは2人セットでクリーチャー（ヴィクティム07+08）として登場する。
ヴィクティム09：ウィリアム・グレゴリー 【十の心臓】
時計屋の店主。二度目の建物乱立の世界で入手する日記の書き手とおぼしき人物。マイナスドライバーで喉を刺され殺害。
ヴィクティム10：エリック・ウォルシュ 【十の心臓】
サウスアッシュフィールド通りにあるバーのバーテン。「建物乱立の世界」でそれらしき店に入ることができる。同じ世界で攻略のヒントとなる彼が書いたメモを発見できる。なぜか帰服の剣に突き刺されていた。誕生日に、顔を撃ち抜かれ殺害。
ヴィクティム11：ウォルター・サリバン 【解放】
21の秘蹟の術者。『2』においても名前だけ登場している。ビリーとミリアム殺害の罪（ほかの殺人が露見するのは彼の死後）で収監され、独房でスプーンを喉に刺し自殺。その後暗躍しているのは彼のゴーストと言うべきもの。逮捕される直前に、当時の同級生に「殺したのは俺だけど、俺じゃないんだ」と語っていることから、儀式を遂行し神を復活させようとするヴァルティエルに操られて（あるいは唆されて）いた節がある。十の心臓を捧げ解放の儀式を執り行った後は、無心に母を求める幼いウォルターと分離し、母への執着から解放され、ひたすらに儀式を遂行する傀儡（ジョセフ・シュライバー言うところの「殺人マシン」）となった。
ヴィクティム12：ピーター・ウォールズ 【虚無】
ジャンキーの高校生。ウォルターの死後2年がたったころ、サウスアッシュフィールド通りの裏路地で、「神様を見た！」という言葉を残して行方不明となり、半年がたってからホテルサウスアッシュフィールドの客室で撲殺遺体が発見された。彼のきめていたマリファナの出所はトビー・アーチボルト司祭。
ヴィクティム13：シャロン・ブレイク 【暗黒】
教団信者の母親。教団に息子を返すよう直談判しに希望の家へ向かう途中、彼の墓を見つけ、彼が死んでしまっていること、おそらくは殺害されたことを知る。その後、ウォルターにより水没死させられる。
ヴィクティム14：トビー・アーチボルト 【憂鬱】
教団ヴァルティエル派（元聖母派）の司祭。ジミー・ストーン、ジョージ・ロステンと司祭を立て続けに失い揺らぐ教団を立て直すため、マリファナの密売などで資金を得、希望の家を再開させるなどして市議会議員にまで上り詰める。メキシコの森の中で100mもの崖から突き落とされ殺害。
ヴィクティム15：ジョセフ・シュライバー 【絶望】
302号室に住んでいたフリーのジャーナリスト。希望の家、教団を探るうちにウォルター・サリバン事件へと行き着く。そして調査を進めるが、そのうちに怪現象が起きはじめ、部屋から出られなくなり、希望を徐々に奪われて絶望のうちに死んだ。彼は死体ごと異世界に取り込まれたのか、現在に至るまで行方不明ということになっている。
ヴィクティム16：シンシア・ベラスケス 【誘惑】
地下鉄の世界でヘンリーと出会う女性。ジュニアハイ時代に、サウスアッシュフィールド駅内で野宿する生前のウォルターに声をかけられている。その際、ウォルターの「きれいな顔」に興味を抱くが、「十年以上前から見ていた」と言ったことに気味悪さを感じ、気持ち悪いと怒鳴りつけている。ウォルターによってナイフで滅茶苦茶に刺されて殺害される。のちにゴーストと化した。長い髪でヘンリーをとらえる攻撃などを行う。
ヴィクティム17：ジャスパー・ゲイン 【起源】
オカルトマニアの青年。十年前にウォルターに会いにプレザントリバー大学へ行ったが、ボビーとセインの悲鳴に恐れをなし、ウォルターが「さあ、出ておいで、そこに隠れてる君、私に会いに来たんだろ！ ジャスパー！」と叫んだことにおびえて逃げ出した。しかし、それから10年後の現在では自らに火を放ち胸に印を刻んで自殺した。炎を背負って現れる。
ヴィクティム18：アンドリュー・デサルヴォ 【監視】
サイレントヒルの教団が運営する孤児院「希望の家」の関連施設、パノプティコンの水牢の雇われ監視員だった。暴力的で、幼いウォルターをはじめとした子供たちに暴力をふるい虐待していた。他のゴーストと違い歌を歌いだしたり体当たりを仕掛けたりする。
ヴィクティム19：リチャード・ブレインツリー 【混沌】
207号室に住む男性。母を求めてサウスアッシュフィールドハイツをたびたび訪ねてくる幼いウォルターを高圧的に叱り付けていた。ウォルターに電気椅子に掛けられ感電死する。他のゴーストと違い壁を通り抜けられないが、瞬間移動で間合いを詰めバールを振り回す。彼が生前に愛用していたリボルバー拳銃はリチャードの死後ヘンリーが入手、使用することになる。
ヴィクティム20：アイリーン・ガルビン 【母体】
303号室に住む女性。唯一、ゴーストが確認できない。幼い頃、サウスアッシュフィールド駅で寝袋に包まっているウォルターに、「なぜここにいるのか」「寒くないのか」など訊ね、孤独と寒さをしのげるようにと人形をやった。この際、彼女は「母親と手をつないで、ホントに幸せそうにしていた」という。
ヴィクティム21：ヘンリー・タウンゼント 【知恵】
302号室に住む男性。「絶望（ジョセフ・シュライバー）より知恵を受けし者」。侵食による怪奇現象（ドアスコープ）で、鎖骨のあたりに「21121」の印を刻まれ、何ごとかを呟き続けている彼のゴーストのようなものを確認できる。
アイリーンの侵食
ゲーム後半からヘンリーはアイリーンと共に行動するようになる。その時点からアイリーンには体の侵食が始まるようになり、ラスボス時にそれが高ければ高いほど生け贄にされてしまうスピードが速くなる。アイリーンの体の侵食度が増える要因としては、
アイリーンがクリーチャーやヘンリーからダメージを受ける。
アイリーンを1部屋に置き去りにする。
アイリーンをクリーチャーのいる部屋に置き去りにする（最も侵食度が大きい）。
隠し武器「サブマシンガン」を使用させる（ラスボス時には影響しない）。
などが挙げられる。逆にアイリーンの侵食度を抑制したり減らしたりすることも可能。その例としては、
アイリーンと行動を共にする。
アイリーンの周囲に除霊アイテム「ホーリーキャンドル」を置く。
アイリーンと共に部屋を出入りする。
などが挙げられる。侵食度が高くなるにつれてアイリーンの肌に黒い斑点が浮かび上がり、徐々に増加する。更に高くなると斑点が波打ち、肌全体が黒くなってしまう。更に高くなるとアイリーンがゴーストのようになり、意味不明な言葉を話しだしてヘンリーがダメージを受けるようになる。除霊アイテム「セントメダリオン」を装備していると壊れる。
自室の侵食
アイリーンと行動を共にするようになってからは、自室も侵食が始まる。それまでは自動的に体力が回復できたがそれもできなくなってしまう。侵食が始まってからは自室に戻る回数が増えるごとに様々な怪奇現象が発生する。その例としては、
壁にヒビが現れる。
電話から「見ているよ」という声が聞こえてくる。
風景画がウォルターの肖像画になっている。
クローゼットに子供の影が現れる。
窓がガタガタ揺れる。
台所の蛇口から血が流れる。
靴の位置が移動している。
ソファーに血がついている。
時計の針が高速で回る。
冷蔵庫からネコの鳴き声が発生して、開けると肉の塊がうごめいている。
ドアの覗き穴を見ると外にヘンリーが血を流して立っている。
テレビがウェーブ画面になっている。
壁からゴーストが現れる（抜け出してくることはない）。
壁に人形の顔が多数現れる（アイテム「人形」をアイテムボックスに入れた場合）。
である。怪奇現象に近づくとダメージを受けてしまうが、セントメダリオンでしばらく防御はできる。しかし完全に除霊するにはホーリーキャンドルを怪奇現象の発生付近に設置することが必要。
登場する武器
ピストル
ヘンリーの自室で手に入る。威力は低めだが距離の離れた相手を攻撃することが可能。難易度によって装弾数が変化する。しかし、本作ではハンドガンの銃弾をまとめて持ち歩くことができず、1マガジンごとにアイテム欄を使用するために実用性はかなり低い。
スタンガン
「水牢の世界」で手に入る。威力は低くリーチも非常に短いものの相手をすぐにダウンさせることができるので、複数現れた場合に役に立つ。今作ではバッテリーがなく、無限に使用が可能である。
リボルバー
「アパートの世界」で手に入る。元の所有者は後にウォルターの犠牲になってしまうリチャードである。威力が非常に高く体力の多い相手には効果的。しかし弾薬の数は極めて少ない為、ボスゴーストやラスボスまで温存するのが望ましい。
銀の銃弾
魔よけに使う銀色の銃弾。弾薬の数は3個と非常に少ないが、ボスゴーストを1発でダウンさせるほど威力が高い。ピストルに装弾して使用する。
白ワインの瓶
自室の冷蔵庫で手に入る。威力は低めでリーチも短いものの、軽いので攻撃のスキが非常に少ない。ある程度これで相手を攻撃していると「割れた白ワインの瓶」になり先端が鋭利になるので、威力が少し増す。
鉄パイプ
自室のバスルームで手に入る。威力は割れた瓶よりやや高く、リーチが長い。攻撃のスキも少ないので序盤で役に立つ。
金属バット
「建物乱立の世界」で手に入る。リーチは鉄パイプよりやや短いが威力は高い。溜め攻撃までの時間はやや長い。
スコップ
「建物乱立の世界」で手に入る。リーチが鉄パイプより少し長く威力は金属バットより少し低い。溜め攻撃をすることで突き攻撃が発生し、攻撃範囲に優れている。倒れている相手にも突き刺して攻撃できる。
錆びた斧
「建物乱立の世界」で手に入る。リーチは少し短いが威力は高めで攻撃のスキが少ない。溜め攻撃の振りかざし攻撃は攻撃につなげるまでの無敵時間が長く、体力の多い相手にも安全に攻撃できる。
殺虫スプレー
「アパートの世界」で手に入る。ハマーを1撃で倒すことができるが殺傷能力は無く、その他のクリーチャーには全く通用しない。
カッターナイフ
「病院の世界」で手に入る。攻撃のスキが非常に少なく溜め攻撃もすぐに行えるが、リーチも威力も極端に低い。
たいまつ
「2度目の森の世界」で手に入る。ゲームを進める上でのキーアイテムだが、武器としても使用できる。リーチは鉄パイプと同じくらいだが威力が低い。火を着けると威力が少し増す。
絶望のツルハシ
「2度目の森の世界」で手に入る。威力が全武器中最大で大抵のクリーチャーも1撃で倒せる。攻撃のスキも非常に大きいが溜め攻撃の無敵時間が非常に長いので、ラスボスで使用するのがいい。
ゴルフクラブ
様々な世界で手に入る。全部で12種類ある。リーチは鉄パイプより少し短い。威力は各ゴルフクラブにより微妙に異なる。数回使用すると折れ曲がってしまい、使用できなくなる。
チェーンソー
4種類の内のいずれかのエンディングを発生させると次回プレイの「森の世界」で手に入る。威力はツルハシに次いで高く、相手に当たると連続してダメージを与えることができる。
ハンドバッグ
アイリーン専用武器。「病院の世界」で手に入る。アイリーンの所有するハンドバッグであり、所々に付いている金属が武器になる。
乗馬用ムチ
アイリーン専用武器。「2度目の地下鉄の世界」で手に入る。
チェーン
アイリーン専用武器。「2度目の森の世界」で手に入る。装備させるとアイリーンが歩くたびにジャラジャラ音が鳴る。
ナイトスティック
アイリーン専用武器。「2度目の水牢の世界」で手に入る。
サブマシンガン
アイリーン専用武器。エンディングでの評価で90点以上を獲得すると次回プレイの「アパートの世界」で手に入る。弾数は無限で威力が非常に高く、相手との距離が大きくても当てることができる。しかし使用するごとにアイリーンの侵食が速く進んでしまい、ヘンリーがダメージを受けることもある。